Η Αιμιλία Πρωτόγερου είναι μέλος ΕΔΙΠ στον Τομέα ΙΙ της Σχολής Χημικών Μηχανικών του Εθνικού Μετσόβιου Πολυτεχνείου.

Κατέχει διδακτορικό τίτλο σπουδών στην επιστημονική περιοχή «Eπιχειρησιακή Στρατηγική και Βιομηχανική Πολιτική». 

Κύρια δραστηριότητά της είναι η διεξαγωγή πρωτογενούς και δευτερογενούς έρευνας, η παρακολούθηση και ο συντονισμός εθνικών και Ευρωπαϊκών προγραμμάτων, η υποστήριξη διδακτικού έργου μέσω επικουρικής διδασκαλίας, η υποστήριξη σε μαθήματα και επίβλεψης εργασιών, και η συμμετοχή στην οργανωτική και επιστημονική επιτροπή συνεδρίων και ημερίδων.

Περιοχές ερευνητικής δραστηριότητας: Επιχειρησιακή Στρατηγική, Οικονομικά της Τεχνολογίας και Τεχνολογική και Βιομηχανική Πολιτική, με έμφαση στα ζητήματα της δημιουργίας και διάχυσης της γνώσης σε επίπεδο επιχειρήσεων, κλάδων και οικονομιών, αλλά και στα ζητήματα διαχείρισης καινοτομίας και τεχνολογίας καθώς και επιχειρηματικότητας.

Έχει δημοσιεύσει το έργο της σε πολλά διεθνή επιστημονικά περιοδικά και συλλογικούς τόμους.

Έχει άριστη γνώση στατιστικών & οικονομετρικών πακέτων (SPSS, STATA, Minitab κ.ά.), και  άλλων ειδικών λογισμικών για επεξεργασία και ανάλυση δεδομένων (UCINET για ανάλυση κοινωνικών δικτύων, EQS και PLS-SEM  για εφαρμογές Structural Equation Modeling–Μοντέλα Δομικών εξισώσεων).